pck2xplor
index
pck2xplor.py

convert PIPP PCK files into XPLOR assignment statements

 
Functions
       
convert(filename, c_relax=1.25, dephasing_time=0.026100000000000002)
 first argument: a list of lines from a pck file
    second argument: c_relax            [default value: 1.25      ]
    third argument: dephasing_time (2T) [default value: 0.0261 sec]
    output: assignment statements appropriate for xplor
    
     Input to this should be a .PCK file
     with Assignments in Column 7 
     and the .PCK and Intensity in Column 6 and ID in column 1
     Assignment MUST be of form I14.HA or I14.HN to that this
     script can differentiate cross and diagonal peaks
     There Can be anything between the . and the Atom name as long
     as the atom name is the last part of the assignment string
     The period MUST be immediately following the residue number
     script calculates Corresponding 3-bond coupling constant
     writes to stdout a Table containing:
                Residue   Diag Intens (Pk-ID)   X Peak Intens (Pk-ID)     Jhnha
    

 
Data
        C_RELAX = 1.25
DEPHASING_TIME = 0.026100000000000002
cross = {}
cross1 = {}
cross2 = {}
diag = {}