ringGeom
index
ringGeom.py


 routines to calculate ring pucker and distortion
 
 currently only supports 5-membered rings

 
Functions
       
atan2(...)
atan2(y, x)
 
Return the arc tangent (measured in radians) of y/x.
Unlike atan(y/x), the signs of both x and y are considered.
cos(...)
cos(x)
 
Return the cosine of x (measured in radians).
cross(...)
distortion(atoms)
calculate (in-plane) ring distortion coordinates. Returns
    amplitude, phase as a tuple.
dot(...)
pucker(atoms)
calculate ring pucker coordinates. Returns amplitude, phase as
    a tuple
    from C. Altona and M. Sundaralingam, JACS 94, 8205 (1972).
sin(...)
sin(x)
 
Return the sine of x (measured in radians).
sqrt(...)
sqrt(x)
 
Return the square root of x.
unitVec(...)

 
Data
        pi = 3.1415926535897931