Module that analyzes the rotomeric states of a given ensemble. 

Classes
		RotomericStats   class RotomericStats           Methods defined here: RotomericStates(s, atomCoordList)   __init__(s)   A class to analyze the rotomeric states of a given ensemble -----dictionarie used in the class---------- torStatCnt  :dict of the form X[UID][State]=count              where X[UID] is a dictionary              and X[UID][State] another dictionary RotAngleName:dict of the from X[UID]=angleName which is a List of tuple              of the form [('CHI1',('N', 'CA', 'CB', 'OG')),                           ('CHI2',('CA','CB', 'OG', 'HG'))] torStateIndex:dict of the form X[UID][State]=Index which is a               list of integers that stores the structure index               value in the atomCoordinates List. scTorsionAtoms: a dict of the form                X['SER'] = [('CHI1',('N', 'CA', 'CB', 'OG')),                            ('CHI2',('CA','CB', 'OG', 'HG'))]            binAngle(s, uid, resType, taName, val)   creates a dict named angleBins angleBins[uid][torsionangleName] : contains the angle value           corresponding to the torsionangleName                                     binAngleState(s, index)   creates two dict:    torStateCnt: dict of the form X[UID][State]=count                 where X[UID] is a dictionary                 and X[UID][State] another dictionary    torStateIndx:dict of the form X[UID][State]=Index which is a                 list of integers that stores the structure index                 value in the atomCoordinates List.  binAngles(s, filename)   Takes in a set of pdb filename and analyze the rotomerics state of each pdb file. The result is written in the file name [filename].angles circularStat(s, l)   Added by Robin A Thottungal Calculates the average of Circular Data(in this case angles) Reference Book: Statistical analysis of circular data by N. I. Fisher [ISBN:0521350182]  getAngles(s, resType, resid, segid)   Given a residue, the method returns the rotomerics state definition for the residue.  getBin(s, resType, taname, val)   Given the residue type and torsion angle name, the method finds out the states in which the torsion angle can exit and return the angle that is closest to the val. getBranch(s, theta1, theta2)   return the branch number n such that n*2*PI+theta1-theta2 is minimal getscTorsionAtoms(s, resname)   linearAverage(s, l)   # linearAverage / linearDeviation does not give correct answer # for circular data always. Use circularStat() instead.. linearDeviation(s, l)

Data
		__package__ = None argv = ['/home/schwitrs/xplor-bzr/bin/xplor', '/home/schwitrs/xplor/python/xplorDoc.py', '-w', 'xplor', 'ivm', 'monteCarlo', 'trace', 'trajFile', 'selectLogic', 'selectTools', 'xplorInit', 'vmdInter', 'checkWrap', 'hybridMC', 'atomAction', 'potCosAngleRatio', 'rdcPotTools', 'simulationTools', 'shapePotTools', 'pck2xplor', ...] binData = {'ASN_CHI2': (('0', 0), ('180', 180)), 'ASP_CHI2': (('0', 0), ('180', 180)), 'GLN_CHI3': (('0', 0), ('180', 180)), 'GLU_CHI3': (('0', 0), ('180', 180)), 'HIS_CHI2': (('+90', 90), ('-90', -90)), 'PHE_CHI2': (('+90', 90), ('-90', -90)), 'TRP_CHI2': (('+90', 90), ('-90', -90)), 'TYR_CHI2': (('+90', 90), ('-90', -90))} pi = 3.1415926535897931 scTorsionAtoms = {'ALA': [], 'ARG': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'NE')), ('CHI4', ('CG', 'CD', 'NE', 'CZ'))], 'ASN': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1'))], 'ASP': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1'))], 'CYS': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'SG'))], 'GLN': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1'))], 'GLU': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1'))], 'GLY': [], 'HIS': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'ND1'))], 'ILE': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG1')), ('CHI21', ('CA', 'CB', 'CG1', 'CD1'))], ...}