selectLogic
index
selectLogic.py

tools to perform logical operations on atom selections
 
NOTE: not tested! These routines need to be fixed.

 
Classes
       
BoolArray

 
class BoolArray
    Array whose values are zero or one. The array's size is determined by
    the size argument to the constructor. All members of the array are zero
    except those corresponding to indices specified by the second argument to
    the constructor.
 
    Simple boolean operations can be performed on BoolArrays.
    An array of the nonzero elements can be obtained using the simpleArray
    method.
 
  Methods defined here:
__and__(s, x)
__init__(s, size, arr)
__neg__(s)
__or__(s, x)
simpleArray(s)

 
Functions
       
currentSimulation(...)
select(str, strNS=None, size=None)
perform logical operations on select arrays.
    For instance, if
     sel1 = select('name CA')
     sel2 = select('name N')
    then
     selectLogic('sel1 or sel2')
    returns the indices of all CA and N atoms.