U.S. flag

An official website of the United States government
Pydoc: module atomProbTools
 
atomProbTools		 index


 
Functions to create and access different types of atomProb.AtomProb 
objects.

 
Functions
       
create_AtomProb(selection, mapType='density')
Create an appropirate atomProb.AtomProb obj given the specified
mapType.
generateAtomProb(term)
Choose and return the correct AtomProb subclass, based on term.mapType()
radiusByName(atom)
setVdWRadii(aProb, radiusScale=1.0)
Given a atomProb.AtomProb, set atomic radii to
Van der Waal values in the module-local dictionary radiusMap.
weightByAtomElectrons(aProb)
Set the per-atom weights in AtomProb as the number of electrons in 
each atom.
weightByResidueElectrons(aProb)
Set the per-atom weights in the AtomProb as the number of electrons in 
the respective containg residue.

 
Data
        radiusMap = {'C': 1.75, 'CO': 1.65, 'H': 1.17, 'HH': 1.0, 'N': 1.55, 'O': 1.4, 'P': 1.8, 'S': 1.8}