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bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module sardcPotTools
 
sardcPotTools		 index


 
tools to aid in setup/analysis of dipolar coupling potential term sardcPot
 
this module provides functions to simplify the creation, manipulation and
analysis of sardcPot.SARDCPot potential terms.

 
Functions
       
Rfactor(pot, selection='all', normalize=False)
R-factor (in percent) for an infinite number of randomly distributed
vectors.
 
The formula is based on Eq. 3 from Clore+Garrett, JACS 121, 9008 (1999):
 
R-factor = 100 [1/sqrt(2)] sqrt{ sum[(Di_calc - Di_obs)^2] / sum[Di_obs^2] }
 
where Di_calc and Di_obs are the ith calculated and observed RDC values,
respectively.
 
The selection argument can be used to choose a subset of restraints whose
atoms lie in selection.
 
If normalize is set to True, all values of Di_calc and Di_obs are divided by
sardcPot.SARDCPot_Restraint's Dmax in the above equation.
addRestraints(rdc, restraints, useSign=True, useDist=False)
Add XPLOR XDIPO or SARDC style restraints from a string.
 
One can specify the useSign argument to specify whether the RDC sign will be
significant in evaluating the energy. The useDist argument specifies whether
the 1/r^3 RDC dependence will be taken from the coordinates.
analyze(potList)
perform analysis of SARDCPot terms and return nicely formatted summary
avecScale(pot)
return pot.rdc.avectorScale()
chi2(pot, selection='all')
Compute the Chi^2 value for the specified restraints. 
 
The optional selection argument can be used to choose a subset of
restraints whose atoms lie in selection.
create_SARDCPot( name, file=0, useSign=True, useDist=False, restraints='', domainSel='not PSEUDO', tensor=None )
Create an sardcPot.SARDCPot with given name, the filename of an RDC
assignment table and/or a string of assignments.
 
The file argument can optionally be a sequence of filenames.
 
domainSel is an atomSel.AtomSel which specifies atoms in an aligning
subunit.
 
If tensor is specified, it should be a <saTensor>.SATensor object.
 
One can specify the useSign argument to specify whether the RDC sign will be
significant in evaluating the energy. The useDist argument specifies whether
the 1/r^3 RDC dependence will be taken from the coordinates.
 
Please see addRestraints below regarding RDC scaling.
makeTable(rdc)
Return the assignment table (a string) corresponding to the 
restraints associated with the specified sardcPot.SARDCPot.
readRestraint(string, useSign, useDist)
Read an XPLOR XDIPO-style restraint and generate input for SARDCPot.
 
So that a single tensor can be used for RDCs involving different nuclei
a scale factor is applied to account for the gyroA*gyroB / dist^3
scaling difference.
rmsd(pot, selection='all')
Compute the RMSD value for the specified restraints. 
 
The optional selection argument can be used to choose a subset of
restraints whose atoms lie in selection.
saupeMatrix(pot, eIndex=None)
given a SARDCPot term, return the associated Saupe matrix. If eIndex
is specified, return the Saupe matrix associated with the specified
ensemble member. NOT YET TESTED!
writeNEF(rdc, name)
Return a formatted NEF record for the restraints in the given SARDCPot
object as a string with the specified saveframe name.

 
Data
        distances = {'CA_C': 1.52, 'CA_CB': 1.52, 'C_N': 1.33, 'N_HN': 1.023}