U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module cafeMolTools
 
cafeMolTools		 index


 
Tools to help with calculations using a CafeMol RNA bead model.

 
Functions
       
genPSF(pdbFilename)
Generate PSF info from CafeMol-style PDB file.
 
   It is normal to see this message:
%PATCH-ERR: dihedral 1P    1S    2P    2S    not found
loadNinfoNonBonded(filename, selection='not pseudo')
Read the spcified ninfo file for non-bonded parameters required
by <pair12_10PotTools>.create_Pair12_10Pot
nonBondToDistanceRestraints(filenameOrString, types=['basepair'], pmErr=2, selection='not pseudo')
Given the ninfo filename, generate distance restraints from the 
nonbonded terms specified by types. The noePot.NOEPot restraint +/- 
error is specified by the pmErr argument. The selection argument can be 
used to specify restraints for a subset of loaded atoms.
 
A string of NOEPot restraints is returned, which can be loaded by 
NOEPot.addRestraints().
readCovalentParams(ninfoFilename, verbose=False, selection='not PSEUDO')
Read BOND, ANGL and DIHE parameters from the specified ninfo file. 
Default NONBonded parameters are also added so that the VDW and RepelPot 
terms do not crash if invoked.
 
This function must be called after a PSF is initialized, and has a side 
effect: if an angle has an energy scale (force constant) of 0, that angle
wil be removed.
validateAtomIDs(pdbFilename)
Check that atom id field in the input CafeMol PDB file are the same as
in the current PSF.