U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module csaPotTools
 
csaPotTools		 index


 
Tools to aid with the Chemical Shift Anisotropy potential term
 
The following functions aid in creating, manipulating and analyzing
csaPot.CSAPot potential terms.
 
Some clarifying remarks on CSA tensor parameters can be found here.

 
Functions
       
CSA_analyze(potList)
perform analysis of csaPot.CSAPot terms and return nicely formatted
summary
create_CSAPot(name, file=0, string=None, oTensor=0, sim=0)
create a csaPot.CSAPot with the given name.
the optional arguments are
  file:    the filename of an csa assignment table.
  string:  a string containing a csa assignment table.
  oTensor: a varTensor.VarTensor representing the orientational
           tensor. If this argument is omitted a a new one is created.
  sim:     the associated simulation.Simulation. It defaults to the
           current Simulation.
makeTable(pot)
given a csaPot.CSAPot, generate the associated assignment 
table. Return this as a string.

 
Data
        csaData = [('C', 'bond', '132', -40.0, 0.0, (23.3, 71.2, -94.5), 21652.1), ('P', 'bisect', '123', 0.0, 0.0, (-99.33, 19.67, 79.67), 47965.1), ('N', 'bond', '231', -20.0, 11.0, (62.8, -108.5, 45.7), 21652.1), ('Nss', 'bond', '123', 17.5, 20.0, (68.22, -110.0, 41.79), -21523.28), ('Nss-gly', 'bond', '123', 21.5, 20.0, (64.8, -103.78, 38.98), -21523.28), ('Nss-thr', 'bond', '123', 19.0, 20.0, (66.34, -107.59, 41.25), -21523.28), ('NCA', 'bond', '123', 103.3, 0.0, (63.5, -104.2, 40.8), 21652.1), ('NCA-gly', 'bond', '123', 98.4, 0.0, (62.2, -103.8, 41.5), 21652.1)]