U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module cstMagTools
 
cstMagTools		 index


 
Tools to aid in setup/analysis of the chemical shielding tensor potential
term, cstMagPot.CSTMagPot
 
Reference:
  B.J. Wylie, C.D. Schwieters, E. Oldfield and C.M. Rienstra,
  ``Protein Structure Refinement Using C-13 alpha Chemical
  Shift Tensors,'' J. Am. Chem. Soc. 131, 985-992 (2009).

 
Functions
       
analyze(potList)
perform analysis of CSTMagPot terms and return nicely formatted
summary
calcSlopeIntercept(terms, verbose=False)
given a sequence of CSTMagPot terms, determine the slope and magnitude
to minimize (sigma_calcd - sigma_obsd)^2 and set cstOffset and cstScale
for each of the terms.
create_CSTMagPot(name, surfName, file=None, restraints='', segid=None)
Create a CSTMagPot term with magnitudes appropriate for the specified
surfaces referenced by surfName. Restraints can be specified by
filename or string using the file or restraints arguments, respectively.
 
create_CSTMagPot supports a simplified assignment table in which
name, assign pairs can be replaced with a single statement ca_assign of
the form:
 
ca_assign resid s11 s22 s33
 
Dihedral angles appropriate for the C-alpha atom phi and psi angles are
selected by this statement. The segid id argument can be used to specify
the segment name for the ca_assign statements.
readSurface2D(surfID)
read three 2D surfaces from a format of
phi1 phi2 s11 s22 s33
all other nonempty lines should start with a #

 
Data
        env = environ({'ARCH': 'Linux_x86_64', 'NUM_THREADS': ...::/usr/local/lib:/usr/local/lib:/usr/local/lib'})