densityGridTools
index
/home/schwitrs/xplor/python/densityGridTools.py


 
Tools to help create, manipulate and plot densityGrid.DensityGrid objects 
used to represent electron density maps, projections and atomic force height 
maps.

 
Functions
       
covarianceValues(map)
Return the principal components of the covariance matrix, sorted in 
order of largest to smallest.
create_DensityGrid(filename=None, slice=None, delta=None, verbose=False)
Read the specified EDM file. Supported formats are MRC, MRCS and CCP4. 
The slice argument can be used to specify a slice containing a 2D 
projection.
 
The optional delta argument will override the grid spacing members of the
returned DensityGrid object - i.e. xdelta, ydelta, and (for 3D maps only) 
zdelta.
mergedSlicesAsImage(dmap1, dmap2, imgFilename, sliceNum=0, offset=None, verbose=False)
Given two projections, given as sliceNum slices of dmap1 and dmap2 
arguments, create an output image named imgFilename in which dmap1 and
dmap2 are represented as the colors magenta and green, respectively. 
Regions in which the projections have the same (nonzero) value appear
white.
sliceAsImage(dmap, imgFilename, sliceNum=0, usePalette=False)
Given a densityGrid.DensityGrid object, write out the specified slice
(grid number in the z-dimension) to the specified file. File type is
determined by the suffix given in imgFilename.
sliceToBytes(dmap, sliceNum=0)
Given a densityGrid.DensityGrid object, return a tuple containing
(xsize,ysize,dataInBytes), with byte data corresponding to slice given by 
sliceNum.
sliceToImage(dmap, sliceNum=0, usePalette=False)
Given a densityGrid.DensityGrid object, return a PIL.Image with
a grayscale image corresponding to slice given by sliceNum.
 
The optional usePalette argument can be set to produce a black,red->blue
colormapped image instead of a black->white intensity image.
trimDensityGrid(dmap, pad=0.5, sel='not pseudo')
Return a subregion of the input atom density map around atom coordinates.
 
Given the current atomic coordinates defined by sel (an atom selection
string) and an atomic density map, dmap (a string with the filename path of
a ccp4 or mrc file or, alternatively, an atomDensity.DensityGrid
instance), return a subregion of dmap (an atomDensity.DensityGrid
instance) around the coordinates.  The subregion is defined by the smallest
sphere (of radius r) that envelops all the coordinates, with r augmented by
the fraction specified by the pad argument (i.e., the sphere has a radius
r + pad * r, centered around the centroid of the coordinates).