Helper functions for creating and analyzing hbPot.HBPot energy terms.

Functions
		analyze(potlist) Perform analysis of HBPot terms. create_HBPot(name, selection='not PSEUDO', configFilename='da.dat', threshold='99.95', verbose=1) create and return a hbPot.HBPot energy term with instanceName name, and covering atoms specified in selection.   Arguments: name            selection="not PSEUDO",            configFilename="da.dat",            threshold='99.95',            verbose=1      selection - the term can be applied to a subset of atoms by specifying                an alternate value.    configFilename - file which specifies donors and acceptors for selected                     residues and a mapping of all pairs to a                     hbSurf.HBSurf energy surface.    threshold      - percentage threshold used to determine whether a                     hydrogen bond is violated. If the energy for a                     particular geometry is larger than that corresponding                     to threshold percent of the input datapoints, it is                     considered to be violated. Valid values are currently                     '98', '99' and '99.95'. hBondInfo(term) Return a pretty-printed string with information on each detected hydrogen bond. numHBonds(term) readConfigFile(configFilename) Read file defining hydrogen bond acceptors, donors and mappings of acceptor/donor pairs to database surface. Acceptor lines are of the format       acceptor aName sel1 [sel2]   where aName is an arbitrary label for the acceptor, sel1 is an atom selection string (atomSelLang), and sel2 is an optional second selection string which defines the bound-to atom. The second selection string is necessary if the acceptor is bound to more than one atom. If sel2 is specified, sel1 must be enclosed in parentheses.   Donor lines are of the form       donor dName sel   where dName is a label for the donor and sel is the selection string.   Mappings from acceptor/donor pairs to database source are of the form       mapping aName:dName deltaResid filename   where aName and dName are one of the acceptor or donor labels, respectively, or the "*" character to match any. The deltaResid argument specifies a difference in primary sequence of the donor and acceptor residues, or the "*" character to match any. The filename argument specifies a file for the hydrogen bonding potential of mean force relative to the FIX...

Data
		dbDir = '/home/schwitrs/xplor/databases/hbPot/current' environ = environ({'ARCH': 'Linux_x86_64', 'MWWM': 'allwm'...ib/Linux_x86_64::/usr/local/lib:/usr/local/lib'})