iupacNaming
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Routines to convert to/from Xplor-NIH/IUPAC atom naming

 
Functions
       
fromIUPAC(selection='all')
toIUPAC(selection='all')

 
Data
        fromRestype = {'ARG': {'HB2': 'HB1', 'HB3': 'HB2', 'HD2': 'HD1', 'HD3': 'HD2', 'HG2': 'HG1', 'HG3': 'HG2'}, 'ASN': {'HB2': 'HB1', 'HB3': 'HB2'}, 'ASP': {'HB2': 'HB1', 'HB3': 'HB2'}, 'CYS': {'HB2': 'HB1', 'HB3': 'HB2'}, 'GLN': {'HB2': 'HB1', 'HB3': 'HB2', 'HG2': 'HG1', 'HG3': 'HG2'}, 'GLU': {'HB2': 'HB1', 'HB3': 'HB2', 'HG2': 'HG1', 'HG3': 'HG2'}, 'GLY': {'HA2': 'HA1', 'HA3': 'HA2'}, 'HIS': {'HB2': 'HB1', 'HB3': 'HB2', 'HG2': 'HG1', 'HG3': 'HG2'}, 'ILE': {'HG12': 'HG11', 'HG13': 'HG12'}, 'LEU': {'HB2': 'HB1', 'HB3': 'HB2'}, ...}
fromname = 'HB2'
restype = 'TYR'
toRestype = {'ARG': {'HB1': 'HB2', 'HB2': 'HB3', 'HD1': 'HD2', 'HD2': 'HD3', 'HG1': 'HG2', 'HG2': 'HG3'}, 'ASN': {'HB1': 'HB2', 'HB2': 'HB3'}, 'ASP': {'HB1': 'HB2', 'HB2': 'HB3'}, 'CYS': {'HB1': 'HB2', 'HB2': 'HB3'}, 'GLN': {'HB1': 'HB2', 'HB2': 'HB3', 'HG1': 'HG2', 'HG2': 'HG3'}, 'GLU': {'HB1': 'HB2', 'HB2': 'HB3', 'HG1': 'HG2', 'HG2': 'HG3'}, 'GLY': {'HA1': 'HA2', 'HA2': 'HA3'}, 'HIS': {'HB1': 'HB2', 'HB2': 'HB3', 'HG1': 'HG2', 'HG2': 'HG3'}, 'ILE': {'HG11': 'HG12', 'HG12': 'HG13'}, 'LEU': {'HB1': 'HB2', 'HB2': 'HB3'}, ...}