U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module jCoupPotTools
 
jCoupPotTools		 index


 
tools to aid in setup/analysis of dipolar coupling potential term.
 
this module provides functions to simplify the creation and
analysis of jCoupPot.JCoupPot potential terms.
 
Karplus Coefficients from Table 1 of A.C. Wang and A. Bax, JACS 118, 
2487 (1996): 
 
dihedral angle is φ
phase is θ
 
   J = A cos2(φ + θ) + B cos(φ + θ) + C
 
           θ        A              B             C        
3J HNHA  -60°   +6.98 (0.04)  -1.38 (0.04)  +1.72 (0.03)  
3J HAC   -60°   +3.75 (0.05)  +2.19 (0.06)  +1.28 (0.03)  
3J HNCB  +60°   +3.39 (0.07)  -0.94 (0.08)  +0.07 (0.03)  
3J HNC     0°   +4.32 (0.08)  +0.84 (0.03)  +0.00 (0.02)

 
Functions
       
analyze(potList)
perform analysis of JCoupPot terms and return nicely formatted summary
create_JCoupPot(name, file=0, A=0, B=0, C=0, phase=-60, sim=0, restraints='')
create an jCoupPot.JCoupPot term with given name,
and Karplus relationship parameters, A, B, C, and phase.
If the file argument is specified, restraints are read from the given
filename.
sim is an optional Simulation argument- the current default is used if
it is not specified.