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Pydoc: module pairLPPotTools
 
pairLPPotTools		 index


 
Functions for creating and analyzing the Lee-Ping pairwise interaction term
pairLPPot.PairLPPot.

 
Functions
       
analyze(potList)
perform analysis of PairLPPot terms and return nicely formatted 
summary.
create_PairLPPot(name, selection='not PSEUDO', moveTol=0.5, rOn=15, rOff=17, selPairs=[], verbose=False)
Return an instance of pairLPPot.PairLPPot.
 
rOn and rOff specify cutoff distances.
 
The selection argument specifies which atoms are included in the
nonbonded calculation.  moveTol specifies the maximum atom
displacement before the nonbonded list is recalculated.  The selPairs argument is an optional sequence of pairs
of atom selection strings which specify particular pairs of atoms
to compute interactions between.  The actual selections used will
be the intersections of the selection argument and each selection
pair entry.
initTerm(term, scale=1, moveTol=0.5, interactingAtoms=None)
A helper routine for resetting a PairLPPot terms to default values.
FIX: rationalize default values vs. None
Additionally, a simple selection pair can be specified by specifying a
single atom selection string as the interactingAtoms argument. If the
interactingAtoms argument is omitted, the selection pairs will be reset to
those specified in create_PairLPPot.

 
Data
        pairParams = {'YCG YCA': (4.4, 0.1, 11), 'YCG YN2': (4.3, 0.1, 11), 'YCG YN6': (4.5, 0.05, 12), 'YCG YO2': (4.4, 0.1, 11), 'YCG YO6': (4.4, 0.1, 11), 'YCU YCA': (5.1, 0.1, 11), 'YCU YCG': (5.2, 0.01, 14), 'YCU YN2': (5, 0.1, 10), 'YCU YN6': (5.2, 0.1, 10), 'YCU YO2': (4.4, 0.01, 16), ...}
params = {'YCA': (4.1, 0.56, 12), 'YCG': (5, 0.1, 10), 'YCU': (5, 0.1, 10), 'YN2': (4.9, 0.84, 10), 'YN6': (3.7, 0.56, 12), 'YO2': (4.5, 0.42, 10), 'YO6': (3.7, 0.56, 10), 'YP': (10, 0.01, 10), 'YS': (10, 0.01, 10)}