U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module pasd.formatSparky
 
pasd.formatSparky		 index


 

 
Functions
       
sparkyPeaks(filename, noePot, fromProtonColumnName, toProtonColumnName, heightColumnName, fromHeavyatomColumnName=None, toHeavyatomColumnName=None, idColumnName=None, name=None, verbose=True, tclOutput=False)
Read Sparky format into pasdPot.PASDPot
 
arguments:
 
  filename                - name of sparky file
  pasdPot                 - a PASDPot instance
  fromProtonColumnName    - string label for from- Proton
  toProtonColumnName      - string label for to- Proton
  fromHeavyatomColumnName - string label for from- heavyatom
  toHeavyatomColumnName   - string label for to- heavyatom
  heightColumnName        - string label for the height/intensity column.
                           Set this to None to use uniform heights.
  idColumnName            - string label for the column providing an
                           reference label. With a value of None, the
                           peaks are given integer ids, starting with 1.
  name                    - prefix to use for peak names. In PASD,
                            these must be different for each peaklist.
  verbose                 - whether to produce verbose output
  tclOutput               - If True, return a valid TCL list string