U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module pck2xplor
 
pck2xplor		 index


 
convert PIPP PCK files into XPLOR assignment statements

 
Functions
       
convert(filename, c_relax=1.25, dephasing_time=0.0261)
first argument: a list of lines from a pck file
second argument: c_relax            [default value: 1.25      ]
third argument: dephasing_time (2T) [default value: 0.0261 sec]
output: assignment statements appropriate for xplor
 
 Input to this should be a .PCK file
 with Assignments in Column 7 
 and the .PCK and Intensity in Column 6 and ID in column 1
 Assignment MUST be of form I14.HA or I14.HN to that this
 script can differentiate cross and diagonal peaks
 There Can be anything between the . and the Atom name as long
 as the atom name is the last part of the assignment string
 The period MUST be immediately following the residue number
 script calculates Corresponding 3-bond coupling constant
 writes to stdout a Table containing:
            Residue   Diag Intens (Pk-ID)   X Peak Intens (Pk-ID)     Jhnha

 
Data
        C_RELAX = 1.25
DEPHASING_TIME = 0.0261
cross = {}
cross1 = {}
cross2 = {}
diag = {}