probDistPotTools
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tool for creating a probDistPot

 
Functions
       
addAxisAtoms(resid=-1, segid='', sim=None)
add atoms to the current structure. If the resid argument
is omitted, a new number is automatically generated. If the
segment name is omitted,  the default is used.  Initial coords
for the various atoms are also generated.
 
Returns a tuple of the segid, residue number, and 
simulation.Simulation to which the atoms were added.
analyze(potList)
Perform analysis of ProbDistPot terms and return nicely formatted
summary.
centerOnMap(term)
Given the ProbDistPot instance term, set its translation member to center 
on its selection. This routine also resets the axis atoms such that the
OO atom is at the origin.
correlation(term)
create_ProbDistPot(name, targetMap, selection='not PSEUDO', potType='diff', rotateCenterMap=False, scale=1, mapType='density')
creates a probDistPot.ProbDistPot with given name
 
targetMap contains the target Map which is an DenstiyGrid object
 
potType: switches the energy type.
   "diff" which is the default energy function, is based on the squared
          distance between the target density & current density calculated
   "cross_correlation" is based on a cross correlation
   "correlation" is the correct correlation function
 
rotateCenterMap: use pseudoatoms to rotate and center the molecular 
                 system on the map.
           
scale: set the energy scale (force constant) for the term.
 
This function sets the noFit property in the associated
simulation.Simulation, as the energy term depends on the absolute
position in space.
create_probDistPot = create_ProbDistPot(name, targetMap, selection='not PSEUDO', potType='diff', rotateCenterMap=False, scale=1, mapType='density')
creates a probDistPot.ProbDistPot with given name
 
targetMap contains the target Map which is an DenstiyGrid object
 
potType: switches the energy type.
   "diff" which is the default energy function, is based on the squared
          distance between the target density & current density calculated
   "cross_correlation" is based on a cross correlation
   "correlation" is the correct correlation function
 
rotateCenterMap: use pseudoatoms to rotate and center the molecular 
                 system on the map.
           
scale: set the energy scale (force constant) for the term.
 
This function sets the noFit property in the associated
simulation.Simulation, as the energy term depends on the absolute
position in space.
massSetup(list=[], axisMass=300)
appropriately setup pseudo-atom masses to axisMass.
 
if list is not specified, then pseudoatoms associated with
all registered PlaneDistPot objects are configured.
radiusByName(atom)
setVdWRadii(term, radiusScale=1.0)
Given a probDistPot.ProbDistPot term, set atomic radii to
Van der Waal values in the module-local dictionary radiusMap.
topologySetup(ivm, list=[])
configure the given IVM object's topology setup to allow projection
rotation and translation for each ProbDistPot in list. This function 
should be called prior to ivm.IVM.autoTorsion() or 
protocol.torsionTopology().
 
The freedom language contains the following keywords:
weightByAtomElectrons(term)
Set the per-atom weights in ProbDistPot as the number of electrons in 
each atom.
weightByResidueElectrons(term)
Set the per-atom weights in ProbDistPot as the number of electrons in 
the respective containg residue.

 
Data
        current_axisResid = 5000
current_axisSegid = 'AXIS'
psfTemplate = '\nstructure\nPSF\n\n 3 !NTITLE\n REMARKS auto... 0 !NGRP\n 0 0 0\nend \n'
radiusMap = {'C': 1.75, 'CO': 1.65, 'H': 1.17, 'HH': 1.0, 'N': 1.55, 'O': 1.4, 'P': 1.8, 'S': 1.8}