sardcPotTools
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tools to aid in setup/analysis of dipolar coupling potential term sardcPot
 
this module provides functions to simplify the creation, manipulation and
analysis of sardcPot.SARDCPot potential terms.

 
Functions
       
Rfactor(pot, selection='all', normalize=False)
R-factor (in percent) for an infinite number of
randomly distributed vectors.
Eq. 3 from Clore+Garrett, JACS 121, 9008 (1999).
 
  R = 1/sqrt(2) sqrt( \sum (D_i^calc - D_i^obs)^2 / \sum D_i^obs^2 )
 
The selection argument can be used to choose a subset of
restraints whose atoms lie in selection.
 
If normalize is set to True, all values of D_i^calc and D_i^obs are
divided by sardcPot.SARDCPot_Restraint's Dmax in the above equation.
addRestraints(rdc, restraints, useSign=True, useDist=False)
Add XPLOR XDIPO or SARDC style restraints from a string.
 
One can specify the useSign argument to specify whether the RDC sign will be
significant in evaluating the energy. The useDist argument specifies whether
the 1/r^3 RDC dependence will be taken from the coordinates.
analyze(potList)
perform analysis of SARDCPot terms and return nicely formatted summary
avecScale(pot)
return pot.rdc.avectorScale()
chi2(pot, selection='all')
Compute the Chi^2 value for the specified restraints. 
 
The optional selection argument can be used to choose a subset of
restraints whose atoms lie in selection.
create_SARDCPot(name, file=0, useSign=True, useDist=False, restraints='', domainSel='not PSEUDO', tensor=None)
create an sardcPot.SARDCPot with given name, the filename of an rdc
assignment table and/or a string of assignments.
 
The file argument can optionally be a sequence of filenames.
 
domainSel is an atomSel.AtomSel which specifies atoms in an aligning
subunit.
 
If tensor is specified, it should be a <saTensor>.SATensor object.
 
One can specify the useSign argument to specify whether the RDC sign will be
significant in evaluating the energy. The useDist argument specifies whether
the 1/r^3 RDC dependence will be taken from the coordinates.
makeTable(rdc)
Return the assignment table (a string) corresponding to the 
restraints associated with the specified sardcPot.SARDCPot.
readRestraint(string, useSign, useDist)
rmsd(pot, selection='all')
Compute the RMSD value for the specified restraints. 
 
The optional selection argument can be used to choose a subset of
restraints whose atoms lie in selection.
saupeMatrix(pot, eIndex=None)
given a SARDCPot term, return the associated Saupe matrix. If eIndex
is specified, return the Saupe matrix associated with the specified
ensemble member. NOT YET TESTED!
writeNEF(rdc, name)
Return a formatted NEF record for the restraints in the given SARDCPot
object as a string with the specified saveframe name.

 
Data
        distances = {'CA_C': 1.52, 'CA_CB': 1.52, 'C_N': 1.33, 'N_HN': 1.023}