surfaceTools
index
/home/schwitrs/xplor/python/surfaceTools.py


 
Tools for surface area calculation

 
Functions
       
calcSA(rSolvent=1.2, sel='known')
calculate the total effective surface area of the given selection.
Radii are calculated as documented for create_SurfaceArea.
create_SurfaceArea(rSolvent=1.2, sel='known', radiusType='allatom')
create a surfaceArea.SurfaceArea object with the specified
solvent radius. Surface area calculations will include atoms specified
by the atomSel.AtomSel sel.
 
if radiusType is allatom, radii are set to be rSolvent + 0.5 * sigma of
the NONBond parameter - of all XPLOR type-based parameters read in thus
far.
 
if radiusType is heavyatom, the radii from McCammon, Wolynes and Karplus,
Biochem. 18, 927-942 (1979) are used, and protons positions are not
considered.
dumpVMDRadii(sa)
dump radius info in VMD format to file named 'radius.vmd'
initializeChemTypeRadii()
readXplorRadii(filename)

 
Data
        chemTypeRadiusLookup = {}