xplor
index
(built-in)


 
python interface intialization script
 
this should not normally be modified by users.
 
this executes in module "xplor"
 
Builtin Methods:
 
  from xplorWrap.XplorWrap:
  command(string,names) - call XplorWrap.command(). 
  shell()               - invoke the XPLOR interpreter
 
Useful members:
 
  simulation: an instance of xplorSimulation.XplorSimulation which 
              represents the atomic structure state within XPLOR.
  wrap:       an instance of xplorWrap.XplorWrap
  interp:     the top-level pyInterp.PyInterp object

 
Functions
       
callerName() -> str
Return the calling function's name.
command(c, r=())
execfile(filename, globals=None, locals=None)
fastCommand(c, r=())
call xplorWrap.XplorWrap.fastCommand
help()
parseArguments(options=[], cmdline='', description='[no description provided]', usageString='', allowExtraOptions=False, minArgs=None, maxArgs=None)
process extra Xplor-NIH command-line arguments.
 
Mistyped options will be detected.
 
Additional options can be specified using the options argument.
Options start with a single or double dash. Option can have one or more
arguments, the number of which is specified by a number separated by a
colon from the option name. For option arguments the literal character
sequence %q% is converted to a single quote. Thus, it is not possible to
pass this sequence as an option argument.
 
If allowExtraOptions is True, extra options will be allowed, and not treated
as errors.   
 
Options present on the command-line but which are not specified in the
options argument will cause an error.
 
The return value is (optlist,args), where
  optlist is [(option, arg1, arg2..), ...]
  and args are the remaining command-line arguments after options have
  been parsed.
 
example:
  (optlist,args) = parseArguments(["help-script","outfile:1"])
 
The cmdline, description and usageString arguments are used to generate output
when the following options are specified:
 
    --help-cmdline  - prints the program name (as deduced from argv[0]),
                      followed by the cmdline argument.
    --help-description - print the description string with newline characters
                         replaced with spaces.
    --help-script      - print a usage string build from the cmdline,
                         description and usageString arguments.
    --output-rst       - the usage string printed using --help-script 
                         normally has its reStructedText markup stripped
                         with the rst2txt facility. If this option is
                         placed first, the markup is preserved.
    --pdf              - in a similar fashion to the --output-rst option,
                         if this option is placed before --help-script, the
                         reStructuredText help string is converted to PDF
                         and displayed in a separate window. This option
                         has the side-effect of setting the module-global
                         variable outputPDF to True (otherwise it is False).
 
For each of these options after printing the string, exit() is called.
 
The number of non-option arguments can be bracketed using the minArgs and
maxArgs parameters.
pyConfigFile(name)
return the full path of a .xplornih configuration file whose filename
is name
rcDir()
return the path of the Xplor-NIH configuration directory.
 
If the directory does not exist, create it
rcPyDir()
return the path of the Xplor-NIH configuration directory.
 
If the directory does not exist, create it
requireVersion(vStr, raiseException=True)
Returns True if the current Xplor-NIH version is less than
that specified in vStr. If raiseException=True, an exception is
raised.
writeConsole(msg)
write a message to the user's console - file descriptor number 9.
This is stdout from where the xplor command is typed.
writeExitMessage()

 
Data
        LD_LIBPATH_VAR = 'LD_LIBRARY_PATH'
XPLOR_DIR = '/home/schwitrs/xplor'
allowStartupFailures = 1
arg1 = '-m'
argN = 'publicIVM'
argv = ['/home/schwitrs/xplor/bin.Linux_x86_64/xplor', '-m', 'xplorDoc', '-w', 'xplor', 'ivm', 'monteCarlo', 'trace', 'trajFile', 'selectLogic', 'selectTools', 'xplorInit', 'vmdInter', 'checkWrap', 'hybridMC', 'atomAction', 'potCosAngleRatio', 'rdcPotTools', 'simulationTools', 'shapePotTools', ...]
cnt = 1
e = '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64/lib/python3.9/site-packages'
env = environ({'ARCH': 'Linux_x86_64', 'MWWM': 'allwm'...ib/Linux_x86_64::/usr/local/lib:/usr/local/lib'})
exitMessage = ''
interp = <pyInterp.PyInterp; proxy of <Swig Object of type 'PyInterp *' at 0x7f9b782a3fc0> >
k = 'EDITOR'
lineBuffering = True
newPath = '/home/schwitrs/lib/Linux_x86_64:/home/schwitrs/l...s/lib/Linux_x86_64::/usr/local/lib:/usr/local/lib'
newargv = ['-w', 'xplor', 'ivm', 'monteCarlo', 'trace', 'trajFile', 'selectLogic', 'selectTools', 'xplorInit', 'vmdInter', 'checkWrap', 'hybridMC', 'atomAction', 'potCosAngleRatio', 'rdcPotTools', 'simulationTools', 'shapePotTools', 'pck2xplor', 'protocol', 'varTensorTools', ...]
numProcs = 1
out = 'stderr'
p_comm = <socketComm.Comm object>
p_host0 = ''
p_numProcs = 1
p_port = 9193
p_processID = 0
paths = ['/home/schwitrs/xplor/bin.Linux_x86_64/xlibs', '/home/schwitrs/xplor/bin.Linux_x86_64', '/home/schwitrs/lib/Linux_x86_64', '/home/schwitrs/lib/Linux_x86_64', '', '/usr/local/lib', '/home/schwitrs/lib/Linux_x86_64', '', '/usr/local/lib', '/usr/local/lib']
pre = '3.4'
progName = 'xplorDoc'
scriptName = '-w'
simPtr = <xplorSimulation.XplorSimulation; proxy of <Swig... of type 'XplorSimulation *' at 0x7f9b78591ea0> >
simulation = <xplorSimulation.XplorSimulation; proxy of <Swig... of type 'XplorSimulation *' at 0x7f9b78591ea0> >
tmp = ['/home/schwitrs/bzr-repo/xplor-python3/bin.Linux_x86_64', '/home/schwitrs/xplor/bin.Linux_x86_64', '/home/schwitrs/xplor/python', '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64', '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64/lib/python3.9', '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64/lib/python3.9/lib-dynload', '/home/schwitrs/xplor/python/bin.Linux_x86_64/lib/python3.9/site-packages', '/home/schwitrs/.xplornih/python', '.']
varName = 'XPLOR_NOLINEBUFFER'
version = '3.4'
version_info = [3, 4]
wrap = <xplorWrap.XplorWrap; proxy of <Swig Object of type 'XplorWrap *' at 0x7f9b7825cb40> >
wrapPtr = <xplorWrap.XplorWrap; proxy of <Swig Object of type 'XplorWrap *' at 0x7f9b7825cb40> >