xplorDCD
index
/home/schwitrs/bzr-repo/xplor-python3/bin.Linux_x86_64/xplorDCD.py


functions for writing XPLOR DCD trajectory files
 
openFile(name,
         mode="WRITE",
         isFormatted=False) - open a trajectory file. Read and write-access are
                              supported. If isFormatted=True, the file is written 
                              in ASCII, otherwise a binary file is produced. The 
                              Fortran unit number is returned.
 
closeFile(fortranUnit)  - close the file associated with the given
                          Fortran unit number.
 
write(freeAtoms,
      start,
      isFirst,
      timeStep,       
      nsavc,
      fortranUnit,
      isFormatted,
      centerXY,
      format="12Z6      ",
      scale=10000.,
      offset=800.        ) - write a frame to the previously opened
                             trajectory file. freeAtoms is an
                             atomSel.AtomSel specifying which
                             atoms are moving. Start is the first step
                             to record, timeStep is a nominal
                             integrator step size. nsavc specifies the
                             number of steps to skip while
                             writing. fortranUnit is the value
                             returned by openFile, and isFormatted
                             should take the same value given in
                             openFile. centerXY is a vec3.Vec object,
                             the x- and y- components of which are subtracted
                             from each coordinate before it is writen.
                             The remaining arguments are
                             used for formatted (ASCII) output.
 
read(freeAtoms,
     isFirst,
     fortranUnit,
     start,
     stop,
     skip,
     istep,
     delta_t,
     header,
     isFormatted) - read a frame from a previously created and
                    opened trajectory file. The tuple 
            (isDone, isEOF, isError, start, stop, skip, istep, delta, header) 
                    is returned.
 
 
 
# This file was automatically generated by SWIG (http://www.swig.org).
# Version 4.0.2
#
# Do not make changes to this file unless you know what you are doing--modify
# the SWIG interface file instead.

 
Functions
       
closeFile(*args, **kwargs) -> 'void'
openFile(*args, **kwargs) -> 'int'
pyXplorHelp(*args) -> 'String'
read(*args, **kwargs) -> 'bool &, bool &, bool &, long &, long &, long &, long &, float_type &, String &'
write(*args, **kwargs) -> 'long &'