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bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module nonBondTools
 
nonBondTools		 index


 
Tools for nonbonded interaction analysis.

 
Classes
       
builtins.object
Violation

 
class Violation(builtins.object)
    Violation(atomi, atomj, dist, dist0)
 

 
  Methods defined here:
__init__(s, atomi, atomj, dist, dist0)
Initialize self.  See help(type(self)) for accurate signature.
diff(s)
name(s)
Data descriptors defined here:
__dict__

 
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__

 
list of weak references to the object (if defined)

 
Functions
       
getNBParamsFromXplor(simulation)
Read nonbonded parameters from underlying XplorSimulation, via the PSF
and loaded parameters.
initializeRadii()
readXplorRadii(filename)
vdwViolations(threshold, selection='not PSEUDO', selection2=None, radiusScale=None)
determine nbonded violations:
  atoms pairs in selection for which threshold plus the distance
  between the atom positions is less than the sums of the appropriate,
  scaled vdw radii.
 
The scale factor is taken from the XPLOR REPEl parameter, if it is used.
Otherwise the variable defaultRadiusScale is used (default value is 0.8).
 
The XPLOR NBXMod parameter is consulted and the appropriate 1-2,3,4
interactions are excluded. Also, explicitly excluded interactions are
excluded, if NBXMod>0.
 
If selection2 is specified, only distances between atoms in the two
selections are considered.
 
Radius scale is normally set from the value of the XPLOR REPEL
parameter. An alternative value can be specified using the radiusScale
argument.

 
Data
        chemTypeDist =
defaultRadiusScale = 0.8
exclList = []
lookupVector = <cdsVector.CDSVector_int_0_long_int; proxy of <S...::DefaultAlloc,long,int > *' at 0x7f4187cdfde0> >