structureTools
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/home/schwitrs/xplor/python/structureTools.py


 
tools to aid in structure analysis. As of this writing, this consists of
torsion angle analysis.
 
This is a preliminary version and not well tested.

 
Classes
       
builtins.object
torsionAngles

 
class torsionAngles(builtins.object)
     Static methods defined here:
nucleicAcid(sel)
returns a dictionary of torsion angle values keyed by the torsion
angle name for each torsion angle in
the first residue referred to in the atomSel.AtomSel argument.
protein(sel)
returns a dictionary of torsion angle values keyed by the torsion
angle name for each torsion angle in
the first residue referred to in the atomSel.AtomSel argument.

Data descriptors defined here:
__dict__

 
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__

 
list of weak references to the object (if defined)

 
Functions
       
getAngles(sel, torsionList)
returns a dictionary of torsion angle values (in Radians) keyed by
the torsion angle name for each torsion angle in
the first residue referred to in the atomSel.AtomSel argument.

 
Data
        scTorsionAtoms = {'ALA': [], 'ARG': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'NE')), ('CHI4', ('CG', 'CD', 'NE', 'CZ'))], 'ASN': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1'))], 'ASP': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'OD1'))], 'CYS': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'SG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'SG', 'HG'))], 'GLN': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1'))], 'GLU': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'CD')), ('CHI3', ('CB', 'CG', 'CD', 'OE1'))], 'GLY': [], 'HIS': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG')), ('CHI2', ('CA', 'CB', 'CG', 'ND1'))], 'ILE': [('CHI1', ('N', 'CA', 'CB', 'CG1')), ('CHI21', ('CA', 'CB', 'CG1', 'CD1'))], ...}