tagPairDistTools
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/home/schwitrs/xplor/python/tagPairDistTools.py


 
Functions common to deerPotTools and tagPairPotTools.

 
Functions
       
createTags(restraints, nonTagSel, numRotamers=None, resname='R1', tagCoordFilename=None, paraAtomname=None, outSegidPref='S', verbose=False)
Read in conformer PSF and coordinates. 
Create a tagSimulation.TagSimulation containing nonTagSel with
tags attached at all attachment points specified by the pairs of
selections in restraints. The restraints argument should be a list of
3-element sequences. The first two specify the atom selections of
the two tags, while the third specifies a string which is not used
by this function. In cases where the segid is not important to specify,
the selections can be given as ints, specifying residue number. 
 
Tags are added using the tagTool module.
 
  numRotamers:    number of rotamer conformations. A value of None 
                  specifies that all conformations in the rotamer library
                  are used.
 
The tag identity is specified in the following parameters:
 
  resname     - the name of the tag residue.
  outSegidPref- all created tags will have begin with this string.
 
Returns a tagTool.TagTool instance containing information on the added
and attached tag conformers.
 
tagCoordFilename is passed as the coordsFilename to tagTool.updateDBentry
paraAtomname is also passed to tagTool.updateDBentry.
readWeights(term, stringOrFilename, potName='[a-zA-Z]*')
Read rotamer weights from PDB comment lines from the input PDB string
or PDB filename into the energy term.
 
Returns True if weights are read, and False otherwise.
rotamerWeights(stringOrFilename, potName='[a-zA-Z]*')
Return rotamer weights from PDB comment lines from the input PDB string
or PDB filename.
setProbWidth(pot, width)
pot is a deerPot.DEERPot or tagPairPot.TagPairPot
object. This function sets the width of the probabilty density
distribution of a single rotamer contribution for each restraint.
setWeights(pot, weights)
pot is a deerPot.DEERPot object. This function sets the ensemble
populations specifed in the weights argument for all restraints in pot,
which must have length equal to the number of rotamers.

 
Data
        dbDir = '/home/schwitrs/xplor/databases/tags'
environ = environ({'ARCH': 'Linux_x86_64', 'MWWM': 'allwm'...ib/Linux_x86_64::/usr/local/lib:/usr/local/lib'})