tagPairPotTools
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/home/schwitrs/xplor/python/tagPairPotTools.py


 
Helper functions for creating and analyzing tagPairPot.TagPairPot energy
terms.

 
Functions
       
analyze(potlist)
Perform analysis of TagPairPot terms.
correlation(term)
create_TagPairPot(name, restraints=[], verbose=True, nonTagSel='not PSEUDO', paraAtomRadius=3, probWidth=0.7, distanceSigmoidWidth=None, varyWeights=False, minFrac=0.1, **kwargs)
Create a tagPairPot.tagPairPot energy term using the specified
restraints. The restraints argument should be a list of
3-element sequences. The first two specify the atom selections of
the two tags, while the third specifies a P(r), either as a filename or as
a string containing the P(r); in either case the file contents or string
should contain lines in which the first two columns r and P(r),
respectively. 
 
  nonTagSel            - selection for atoms which should be considered 
                         in the computation of tag weight due to overlap.
  paraAtomRadius:      - radius of paramagnateic tag atom
  distanceSigmoidWidth - parameter used to compute distance-based weight
                         based on tag atom distance to atoms in nonTagSel
                         [3.0 angstroms]
  probWidth            - width of the distance distribution contribution
                         from a single pair of rotamers.
 
The created TagSimulation instance is held in the tagSimulation member.
 
The follow optional arguments are handled by
tagPairDistTools.createTags, and documented there:
 
  numRotamers
  resname
  tagCoordFilename
  paraAtomname
  outSegidPref
plotRestraints(pot, outFilename='tagPairRestraints')
Observed is green, calculated is red

 
Data
        dbDir = '/home/schwitrs/xplor/databases/tags'
environ = environ({'ARCH': 'Linux_x86_64', 'MWWM': 'allwm'...ib/Linux_x86_64::/usr/local/lib:/usr/local/lib'})