U.S. flag

An official website of the United States government
bit Xplor-NIH VMD-XPLOR
Pydoc: module xplorPotTools
 
xplorPotTools		 index


 
Tools to help manipulate and analyze XPLOR energy terms

 
Classes
       
builtins.object
PY_Restraint
PotData

 
class PY_Restraint(builtins.object)
    PY_Restraint(pot, name, diff)
 

 
  Methods defined here:
__init__(s, pot, name, diff)
Initialize self.  See help(type(self)) for accurate signature.
diff(s)
name(s)
violated(s)
Data descriptors defined here:
__dict__

 
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__

 
list of weak references to the object (if defined)

 
class PotData(builtins.object)
    PotData(pot)
 

 
  Methods defined here:
__init__(s, pot)
Initialize self.  See help(type(self)) for accurate signature.
Data descriptors defined here:
__dict__

 
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__

 
list of weak references to the object (if defined)

 
Functions
       
addRestraintsMethod(term)
add a restraints() method
analyze(potList)
perform analysis of XplorPot terms and return nicely formatted summary.
 
Note on VDW (nonbonded) violations:
  The analysis here does not heed any XPLOR constraints interaction
  statements: all nonbonded violations are always reported.
calcPotData(term)
return PotData values for the given XPLOR term
getHBDBbonds()
Return info from the XPLOR HBDB energy term on each backbone H-bond in a
list of named tuples. The tuples have entries:
  resid_CO, resid_HN, dir_type, lin_type, dist_OH, ang_COH, ang_CaCO, ang_OHN
  Edir,  Elin
initDihedrals(filenames=[], string='', scale=1, useDefaults=True, reload=False, simulation=0)
Initialize the XPLOR dihedral restraints (CDIH) potential term.
 
Parameters are:
   filenames   - either a single filename, or a sequence of filenames of
                 dihedral restraint assignment tables.
   string      - assignment table as a plain string.
   scale       - scale factor (defaults to 1).
   useDefaults - use the default sidechain restraints (default: True)
                 these force chi2 angles of PHE, TYR, ASP, and chi3 of GLU
                 to obey IUPAC naming conventions.
   reload      - if True, reload the previously-loaded dihedral restraints.
                 This is useful if the restraints are lost do to the
                 number of atoms changing (SCRATCHing).
restraints_meth(pot)

 
Data
        defaultThresholds = {'ANGL': 2, 'BOND': 0.05, 'CARB': 1.0, 'CDIH': 5, 'COUP': 1.0, 'DIHE': 10, 'HBDA': 0.0, 'IMPR': 2, 'NOE': 0.5, 'VDW': 0.2, ...}